...
Here's are the steps for setting up an example conda environment that was set up for a ZI researcher:
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# It's generally advisable to perform installations in an interactive session (https://confluence.columbia.edu/confluence/display/zmbbi/Interactive+Sessions) # on one of the nodes, since there are memory limitations on the login node that can occasionally # lead to out-of-memory errors during the installation process. # In this case I am requesting 2 CPUs on node ax08, 1 GPU, for 1 hour, and to use a bash interactive shell srun --pty -c 2 --nodelist=ax08 --gres=gpu:1 -t 0-01:00 /bin/bash # Next I activate conda by loading the module for it ml load anaconda3-2019.03 # next I create an environment. Note that I specify a version of python that I want conda create -n demo-env python=3.6 # once the environment finishes building I need to activate it conda activate demo-env # then I can install software that is available in the conda repos # N.B. the -c flag will specify a "channel" or specific repo conda install pytorch torchvision torchaudio cudatoolkit=10.2 -c pytorch conda install -c conda-forge tensorboard # you can also do pip installs for python requirements which will be local to this environment pip install gym |
Once you have set up your conda environment you can use it in batch scripts by including the following lines in the beginning of your script:
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
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ml load anaconda3-2019.03 conda activate demo-env |
Searching for packages/repos
CUDA is available here https://anaconda.org/nvidia/cuda-toolkit
Other NVIDIA packages https://anaconda.org/nvidia/repo
There is a website with a tool for searching for available packages https://anaconda.org/anaconda/repo
Also one can use "conda search" to look for available packages, although it's important to be aware of repositories (or "channels" within the conda world.) They can be used this way:
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
(base) [lh2332@axon ~]$ conda search pytorch Loading channels: done # Name Version Build Channel pytorch 0.2.0 py27cuda7.5cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py27cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py27cuda8.0cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py27cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py35cuda7.5cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py35cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py35cuda8.0cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py35cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py36cuda7.5cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py36cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py36cuda8.0cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py36cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py27cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py27cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py27cuda8.0cudnn7.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py35cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py35cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py35cuda8.0cudnn7.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py36cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py36cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py36cuda8.0cudnn7.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.1 py27had95abb_0 pkgs/main pytorch 0.3.1 py27hfbe7015_1 pkgs/main pytorch 0.3.1 py35had95abb_0 pkgs/main pytorch 0.3.1 py35hfbe7015_1 pkgs/main pytorch 0.3.1 py36had95abb_0 pkgs/main pytorch 0.3.1 py36hfbe7015_1 pkgs/main pytorch 0.4.0 py27hd73e86b_0 pkgs/main pytorch 0.4.0 py27hdf912b8_0 pkgs/main pytorch 0.4.0 py35hd73e86b_0 pkgs/main pytorch 0.4.0 py35hdf912b8_0 pkgs/main pytorch 0.4.0 py36hd73e86b_0 pkgs/main pytorch 0.4.0 py36hdf912b8_0 pkgs/main pytorch 0.4.1 py27ha74772b_0 pkgs/main pytorch 0.4.1 py35ha74772b_0 pkgs/main pytorch 0.4.1 py36ha74772b_0 pkgs/main pytorch 0.4.1 py37ha74772b_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda100py27he554f03_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda100py36he554f03_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda100py37he554f03_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda80py27ha8650f8_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda80py36ha8650f8_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda80py37ha8650f8_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda90py27h8b0c50b_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda90py36h8b0c50b_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda90py37h8b0c50b_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda92py27h65efead_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda92py36h65efead_0 pkgs/main pytorch 1.0.1 cuda92py37h65efead_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda100py27he554f03_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda100py36he554f03_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda100py37he554f03_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda90py27h8b0c50b_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda90py36h8b0c50b_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda90py37h8b0c50b_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda92py27h65efead_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda92py36h65efead_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda92py37h65efead_0 pkgs/main pytorch 1.2.0 cpu_py27h00be3c6_0 pkgs/main pytorch 1.2.0 cpu_py36h00be3c6_0 pkgs/main pytorch 1.2.0 cpu_py37h00be3c6_0 pkgs/main pytorch 1.2.0 cuda100py27h938c94c_0 pkgs/main pytorch 1.2.0 cuda100py36h938c94c_0 pkgs/main pytorch 1.2.0 cuda100py37h938c94c_0 pkgs/main pytorch 1.2.0 cuda92py27hd3e106c_0 pkgs/main pytorch 1.2.0 cuda92py36hd3e106c_0 pkgs/main pytorch 1.2.0 cuda92py37hd3e106c_0 pkgs/main pytorch 1.3.1 cpu_py27h62f834f_0 pkgs/main pytorch 1.3.1 cpu_py36h62f834f_0 pkgs/main pytorch 1.3.1 cpu_py37h62f834f_0 pkgs/main pytorch 1.3.1 cuda100py27h53c1284_0 pkgs/main pytorch 1.3.1 cuda100py36h53c1284_0 pkgs/main pytorch 1.3.1 cuda100py37h53c1284_0 pkgs/main pytorch 1.3.1 cuda92py27hb0ba70e_0 pkgs/main pytorch 1.3.1 cuda92py36hb0ba70e_0 pkgs/main pytorch 1.3.1 cuda92py37hb0ba70e_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cpu_py36h7e40bad_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cpu_py37h7e40bad_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cpu_py38h7e40bad_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cuda100py36h75a84eb_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cuda100py37h75a84eb_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cuda100py38h75a84eb_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cuda101py36h02f0884_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cuda101py37h02f0884_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cuda101py38h02f0884_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cuda92py36h488537e_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cuda92py37h488537e_0 pkgs/main pytorch 1.4.0 cuda92py38h488537e_0 pkgs/main pytorch 1.5.0 cpu_py37hd91cbb3_0 pkgs/main pytorch 1.7.1 cpu_py37h6a09485_0 pkgs/main pytorch 1.7.1 cpu_py38h6a09485_0 pkgs/main pytorch 1.7.1 cpu_py39h6a09485_0 pkgs/main pytorch 1.8.1 cpu_py37h60491be_0 pkgs/main pytorch 1.8.1 cpu_py38h60491be_0 pkgs/main pytorch 1.8.1 cpu_py39h60491be_0 pkgs/main |
Note that in the general repo, the latest version of pytorch is 1.8.1. If we use the dedicated pytorch channel we get more up to date versions (up to 1.10.2 at the time of this post.)
| Code Block | ||||||
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(base) [lh2332@axon ~]$ conda search pytorch -c pytorch Loading channels: done # Name Version Build Channel pytorch 0.2.0 py27cuda7.5cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py27cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py27cuda8.0cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py27cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py35cuda7.5cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py35cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py35cuda8.0cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py35cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py36cuda7.5cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py36cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py36cuda8.0cudnn5.1_0 pkgs/main pytorch 0.2.0 py36cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py27cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py27cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py27cuda8.0cudnn7.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py35cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py35cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py35cuda8.0cudnn7.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py36cuda7.5cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py36cuda8.0cudnn6.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.0 py36cuda8.0cudnn7.0_0 pkgs/main pytorch 0.3.1 py27had95abb_0 pkgs/main pytorch 0.3.1 py27hfbe7015_1 pkgs/main pytorch 0.3.1 py35had95abb_0 pkgs/main pytorch 0.3.1 py35hfbe7015_1 pkgs/main pytorch 0.3.1 py36had95abb_0 pkgs/main pytorch 0.3.1 py36hfbe7015_1 pkgs/main pytorch 0.4.0 py27_cuda8.0.61_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.0 py27_cuda9.0.176_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.0 py27_cuda9.1.85_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.0 py27hd73e86b_0 pkgs/main pytorch 0.4.0 py27hdf912b8_0 pkgs/main pytorch 0.4.0 py35_cuda8.0.61_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.0 py35_cuda9.0.176_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.0 py35_cuda9.1.85_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.0 py35hd73e86b_0 pkgs/main pytorch 0.4.0 py35hdf912b8_0 pkgs/main pytorch 0.4.0 py36_cuda8.0.61_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.0 py36_cuda9.0.176_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.0 py36_cuda9.1.85_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.0 py36hd73e86b_0 pkgs/main pytorch 0.4.0 py36hdf912b8_0 pkgs/main pytorch 0.4.1 py27__9.0.176_7.1.2_2 pytorch pytorch 0.4.1 py27_cuda8.0.61_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.1 py27_cuda9.0.176_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.1 py27_cuda9.2.148_cudnn7.1.4_1 pytorch pytorch 0.4.1 py27ha74772b_0 pkgs/main pytorch 0.4.1 py35_cuda8.0.61_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.1 py35_cuda9.0.176_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.1 py35_cuda9.2.148_cudnn7.1.4_1 pytorch pytorch 0.4.1 py35_py27__9.0.176_7.1.2_2 pytorch pytorch 0.4.1 py35ha74772b_0 pkgs/main pytorch 0.4.1 py36_cuda8.0.61_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.1 py36_cuda9.0.176_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.1 py36_cuda9.2.148_cudnn7.1.4_1 pytorch pytorch 0.4.1 py36_py35_py27__9.0.176_7.1.2_2 pytorch pytorch 0.4.1 py36ha74772b_0 pkgs/main pytorch 0.4.1 py37_cuda8.0.61_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.1 py37_cuda9.0.176_cudnn7.1.2_1 pytorch pytorch 0.4.1 py37_cuda9.2.148_cudnn7.1.4_1 pytorch pytorch 0.4.1 py37_py36_py35_py27__9.0.176_7.1.2_2 pytorch pytorch 0.4.1 py37ha74772b_0 pkgs/main pytorch 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py3.6_cuda8.0.61_cudnn7.1.2_2 pytorch pytorch 1.0.1 py3.6_cuda9.0.176_cudnn7.4.2_0 pytorch pytorch 1.0.1 py3.6_cuda9.0.176_cudnn7.4.2_2 pytorch pytorch 1.0.1 py3.7_cuda10.0.130_cudnn7.4.2_0 pytorch pytorch 1.0.1 py3.7_cuda10.0.130_cudnn7.4.2_2 pytorch pytorch 1.0.1 py3.7_cuda8.0.61_cudnn7.1.2_0 pytorch pytorch 1.0.1 py3.7_cuda8.0.61_cudnn7.1.2_2 pytorch pytorch 1.0.1 py3.7_cuda9.0.176_cudnn7.4.2_0 pytorch pytorch 1.0.1 py3.7_cuda9.0.176_cudnn7.4.2_2 pytorch pytorch 1.1.0 cuda100py27he554f03_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda100py36he554f03_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda100py37he554f03_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda90py27h8b0c50b_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda90py36h8b0c50b_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda90py37h8b0c50b_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda92py27h65efead_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda92py36h65efead_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 cuda92py37h65efead_0 pkgs/main pytorch 1.1.0 py2.7_cuda10.0.130_cudnn7.5.1_0 pytorch pytorch 1.1.0 py2.7_cuda9.0.176_cudnn7.5.1_0 pytorch pytorch 1.1.0 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This also goes for dependencies and related apps, for instance installing torchvision from the general repo will max out at 0.8.2, but using the pytorch channel once can install up to 0.11.3:
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