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Here's are the steps for setting up an example conda environment that was set up for a ZI researcher:

Code Block
languagebash
themeMidnight
# It's generally advisable to perform installations in an interactive session (https://confluence.columbia.edu/confluence/display/zmbbi/Interactive+Sessions)
# on one of the nodes, since there are memory limitations on the login node that can occasionally 
# lead to out-of-memory errors during the installation process.
# In this case I am requesting 2 CPUs on node ax08, 1 GPU, for 1 hour, and to use a bash interactive shell
srun --pty -c 2 --nodelist=ax08 --gres=gpu:1 -t 0-01:00 /bin/bash

# Next I activate conda by loading the module for it
ml load anaconda3-2019.03

# next I create an environment. Note that I specify a version of python that I want
conda create -n demo-env python=3.6

# once the environment finishes building I need to activate it
conda activate demo-env

# then I can install software that is available in the conda repos
# N.B. the -c flag will specify a "channel" or specific repo
conda install pytorch torchvision torchaudio cudatoolkit=10.2 -c pytorch
conda install -c conda-forge tensorboard

# you can also do pip installs for python requirements which will be local to this environment
pip install gym

Once you have set up your conda environment you can use it in batch scripts by including the following lines in the beginning of your script:

Code Block
languagebash
themeMidnight
ml load anaconda3-2019.03
conda activate demo-env

Searching for packages/repos

CUDA is available here https://anaconda.org/nvidia/cuda-toolkit

Other NVIDIA packages https://anaconda.org/nvidia/repo

There is a website with a tool for searching for available packages https://anaconda.org/anaconda/repo

Also one can use "conda search" to look for available packages, although it's important to be aware of repositories (or "channels" within the conda world.) They can be used this way:

Code Block
languagebash
themeMidnight
collapsetrue
(base) [lh2332@axon ~]$ conda search pytorch
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
pytorch                        0.2.0 py27cuda7.5cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py27cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py27cuda8.0cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py27cuda8.0cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py35cuda7.5cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py35cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py35cuda8.0cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py35cuda8.0cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py36cuda7.5cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py36cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py36cuda8.0cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py36cuda8.0cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py27cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py27cuda8.0cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py27cuda8.0cudnn7.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py35cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py35cuda8.0cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py35cuda8.0cudnn7.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py36cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py36cuda8.0cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py36cuda8.0cudnn7.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.1  py27had95abb_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.1  py27hfbe7015_1  pkgs/main           
pytorch                        0.3.1  py35had95abb_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.1  py35hfbe7015_1  pkgs/main           
pytorch                        0.3.1  py36had95abb_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.1  py36hfbe7015_1  pkgs/main           
pytorch                        0.4.0  py27hd73e86b_0  pkgs/main           
pytorch                        0.4.0  py27hdf912b8_0  pkgs/main           
pytorch                        0.4.0  py35hd73e86b_0  pkgs/main           
pytorch                        0.4.0  py35hdf912b8_0  pkgs/main           
pytorch                        0.4.0  py36hd73e86b_0  pkgs/main           
pytorch                        0.4.0  py36hdf912b8_0  pkgs/main           
pytorch                        0.4.1  py27ha74772b_0  pkgs/main           
pytorch                        0.4.1  py35ha74772b_0  pkgs/main           
pytorch                        0.4.1  py36ha74772b_0  pkgs/main           
pytorch                        0.4.1  py37ha74772b_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda100py27he554f03_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda100py36he554f03_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda100py37he554f03_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda80py27ha8650f8_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda80py36ha8650f8_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda80py37ha8650f8_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda90py27h8b0c50b_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda90py36h8b0c50b_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda90py37h8b0c50b_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda92py27h65efead_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda92py36h65efead_0  pkgs/main           
pytorch                        1.0.1 cuda92py37h65efead_0  pkgs/main           
pytorch                        1.1.0 cuda100py27he554f03_0  pkgs/main           
pytorch                        1.1.0 cuda100py36he554f03_0  pkgs/main           
pytorch                        1.1.0 cuda100py37he554f03_0  pkgs/main           
pytorch                        1.1.0 cuda90py27h8b0c50b_0  pkgs/main           
pytorch                        1.1.0 cuda90py36h8b0c50b_0  pkgs/main           
pytorch                        1.1.0 cuda90py37h8b0c50b_0  pkgs/main           
pytorch                        1.1.0 cuda92py27h65efead_0  pkgs/main           
pytorch                        1.1.0 cuda92py36h65efead_0  pkgs/main           
pytorch                        1.1.0 cuda92py37h65efead_0  pkgs/main           
pytorch                        1.2.0 cpu_py27h00be3c6_0  pkgs/main           
pytorch                        1.2.0 cpu_py36h00be3c6_0  pkgs/main           
pytorch                        1.2.0 cpu_py37h00be3c6_0  pkgs/main           
pytorch                        1.2.0 cuda100py27h938c94c_0  pkgs/main           
pytorch                        1.2.0 cuda100py36h938c94c_0  pkgs/main           
pytorch                        1.2.0 cuda100py37h938c94c_0  pkgs/main           
pytorch                        1.2.0 cuda92py27hd3e106c_0  pkgs/main           
pytorch                        1.2.0 cuda92py36hd3e106c_0  pkgs/main           
pytorch                        1.2.0 cuda92py37hd3e106c_0  pkgs/main           
pytorch                        1.3.1 cpu_py27h62f834f_0  pkgs/main           
pytorch                        1.3.1 cpu_py36h62f834f_0  pkgs/main           
pytorch                        1.3.1 cpu_py37h62f834f_0  pkgs/main           
pytorch                        1.3.1 cuda100py27h53c1284_0  pkgs/main           
pytorch                        1.3.1 cuda100py36h53c1284_0  pkgs/main           
pytorch                        1.3.1 cuda100py37h53c1284_0  pkgs/main           
pytorch                        1.3.1 cuda92py27hb0ba70e_0  pkgs/main           
pytorch                        1.3.1 cuda92py36hb0ba70e_0  pkgs/main           
pytorch                        1.3.1 cuda92py37hb0ba70e_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cpu_py36h7e40bad_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cpu_py37h7e40bad_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cpu_py38h7e40bad_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cuda100py36h75a84eb_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cuda100py37h75a84eb_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cuda100py38h75a84eb_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cuda101py36h02f0884_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cuda101py37h02f0884_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cuda101py38h02f0884_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cuda92py36h488537e_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cuda92py37h488537e_0  pkgs/main           
pytorch                        1.4.0 cuda92py38h488537e_0  pkgs/main           
pytorch                        1.5.0 cpu_py37hd91cbb3_0  pkgs/main           
pytorch                        1.7.1 cpu_py37h6a09485_0  pkgs/main           
pytorch                        1.7.1 cpu_py38h6a09485_0  pkgs/main           
pytorch                        1.7.1 cpu_py39h6a09485_0  pkgs/main           
pytorch                        1.8.1 cpu_py37h60491be_0  pkgs/main           
pytorch                        1.8.1 cpu_py38h60491be_0  pkgs/main           
pytorch                        1.8.1 cpu_py39h60491be_0  pkgs/main

Note that in the general repo, the latest version of pytorch is 1.8.1. If we use the dedicated pytorch channel we get more up to date versions (up to 1.10.2 at the time of this post.)

Code Block
languagebash
themeMidnight
collapsetrue
(base) [lh2332@axon ~]$ conda search pytorch -c pytorch
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
pytorch                        0.2.0 py27cuda7.5cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py27cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py27cuda8.0cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py27cuda8.0cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py35cuda7.5cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py35cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py35cuda8.0cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py35cuda8.0cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py36cuda7.5cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py36cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py36cuda8.0cudnn5.1_0  pkgs/main           
pytorch                        0.2.0 py36cuda8.0cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py27cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py27cuda8.0cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py27cuda8.0cudnn7.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py35cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py35cuda8.0cudnn6.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py35cuda8.0cudnn7.0_0  pkgs/main           
pytorch                        0.3.0 py36cuda7.5cudnn6.0_0  pkgs/main           
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pytorch                       1.10.0 py3.6_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0     py3.7_cpu_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0 py3.7_cuda10.2_cudnn7.6.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0 py3.7_cuda11.1_cudnn8.0.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0 py3.7_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0     py3.8_cpu_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0 py3.8_cuda10.2_cudnn7.6.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0 py3.8_cuda11.1_cudnn8.0.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0 py3.8_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0     py3.9_cpu_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0 py3.9_cuda10.2_cudnn7.6.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0 py3.9_cuda11.1_cudnn8.0.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.0 py3.9_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1     py3.6_cpu_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.6_cuda10.2_cudnn7.6.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.6_cuda11.1_cudnn8.0.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.6_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1     py3.7_cpu_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.7_cuda10.2_cudnn7.6.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.7_cuda11.1_cudnn8.0.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.7_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1     py3.8_cpu_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.8_cuda10.2_cudnn7.6.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.8_cuda11.1_cudnn8.0.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.8_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1     py3.9_cpu_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.9_cuda10.2_cudnn7.6.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.9_cuda11.1_cudnn8.0.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.1 py3.9_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2     py3.6_cpu_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.6_cuda10.2_cudnn7.6.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.6_cuda11.1_cudnn8.0.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.6_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2     py3.7_cpu_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.7_cuda10.2_cudnn7.6.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.7_cuda11.1_cudnn8.0.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.7_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2     py3.8_cpu_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.8_cuda10.2_cudnn7.6.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.8_cuda11.1_cudnn8.0.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.8_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2     py3.9_cpu_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.9_cuda10.2_cudnn7.6.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.9_cuda11.1_cudnn8.0.5_0  pytorch             
pytorch                       1.10.2 py3.9_cuda11.3_cudnn8.2.0_0  pytorch 

This also goes for dependencies and related apps, for instance installing torchvision from the general repo will max out at 0.8.2, but using the pytorch channel once can install up to 0.11.3:

Code Block
languagebash
themeMidnight
collapsetrue
(base) [lh2332@axon ~]$ conda search torchvision
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
torchvision                    0.2.0          py27_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.0          py35_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.0          py36_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.1          py27_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.1          py35_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.1          py36_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.1          py37_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda100py27h72fc40a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda100py36h72fc40a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda100py37h72fc40a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda90py27h6edc907_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda90py36h6edc907_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda90py37h6edc907_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda92py27h0601742_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda92py36h0601742_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda92py37h0601742_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.0 cpu_py27h1e143f5_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.0 cpu_py36h1e143f5_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.0 cpu_py37h1e143f5_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.0 cuda100py27hecfc37a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.0 cuda100py36hecfc37a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.0 cuda100py37hecfc37a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.0 cuda92py27h1667eeb_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.0 cuda92py36h1667eeb_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.0 cuda92py37h1667eeb_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.2 cpu_py27h9ec355b_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.2 cpu_py36h9ec355b_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.2 cpu_py37h9ec355b_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.2 cuda100py27hecfc37a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.2 cuda100py36hecfc37a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.2 cuda100py37hecfc37a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.2 cuda92py27h1667eeb_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.2 cuda92py36h1667eeb_0  pkgs/main           
torchvision                    0.4.2 cuda92py37h1667eeb_0  pkgs/main           
torchvision                    0.8.2 cpu_py37ha229d99_0  pkgs/main           
torchvision                    0.8.2 cpu_py38ha229d99_0  pkgs/main           
torchvision                    0.8.2 cpu_py39ha229d99_0  pkgs/main   
(base) [lh2332@axon ~]$ conda search torchvision -c pytorch
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
torchvision                    0.2.0          py27_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.0  py27hfb27419_1  pytorch             
torchvision                    0.2.0          py35_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.0  py35heaa392f_1  pytorch             
torchvision                    0.2.0          py36_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.0  py36h17b6947_1  pytorch             
torchvision                    0.2.1          py27_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.1          py27_1  pytorch             
torchvision                    0.2.1          py35_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.1          py35_1  pytorch             
torchvision                    0.2.1          py36_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.1          py36_1  pytorch             
torchvision                    0.2.1          py37_0  pkgs/main           
torchvision                    0.2.1          py37_1  pytorch             
torchvision                    0.2.1            py_2  pytorch             
torchvision                    0.2.2            py_2  pytorch             
torchvision                    0.2.2            py_3  pytorch             
torchvision                    0.3.0 cuda100py27h72fc40a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda100py36h72fc40a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda100py37h72fc40a_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda90py27h6edc907_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda90py36h6edc907_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda90py37h6edc907_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda92py27h0601742_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda92py36h0601742_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 cuda92py37h0601742_0  pkgs/main           
torchvision                    0.3.0 py27_cu10.0.130_1  pytorch             
torchvision                    0.3.0 py27_cu9.0.176_1  pytorch             
torchvision                    0.3.0 py35_cu10.0.130_1  pytorch             
torchvision                    0.3.0 py35_cu9.0.176_1  pytorch             
torchvision                    0.3.0 py36_cu10.0.130_1  pytorch             
torchvision                    0.3.0 py36_cu9.0.176_1  pytorch             
torchvision                    0.3.0 py37_cu10.0.130_1  pytorch             
torchvision                    0.3.0 py37_cu9.0.176_1  pytorch             
torchvision                0.4.0+cpu        py27_cpu  pytorch             
torchvision                0.4.0+cpu        py35_cpu  pytorch             
torchvision                0.4.0+cpu        py36_cpu  pytorch             
torchvision                0.4.0+cpu        py37_cpu  pytorch             
torchvision               0.4.0+cu92       py27_cu92  pytorch             
torchvision               0.4.0+cu92       py35_cu92  pytorch             
torchvision               0.4.0+cu92       py36_cu92  pytorch             
torchvision               0.4.0+cu92       py37_cu92  pytorch             
torchvision                    0.4.0 cpu_py27h1e143f5_0  pkgs/main           
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